Batas-batas wilayah kota ini adalah sebagai berikut:
- sebelah utara berbatasan dengan Kecamatan Siantan, Kabupaten Pontianak
- sebelah timur berbatasan dengan Kecamatan Siantan, Sungai Ambawang dan Sungai Raya, Kabupaten Pontianak
- sebelah selatan berbatasan dengan Kecamatan Sungai Kakap dan Sungai Raya, Kabupaten Pontianak
- sebelah barat berbatasan dengan Kecamatan Siantan dan Sungai Kakap, Kabupaten Pontianak

Topografi. Secara umum ketinggian tanah di kota Pontianak relatif merendah di tengah kota dan meninggi di pinggiran kota. Menurut keadaan topografi, kota Pontianak terletak di dataran rendah dan dilalui sungai Kapuas dan Sungai Landak yang membentuk delta tepat di wilayah kota (baca juga: sungai dan parit di kota Pontianak). Dengan ketinggian tanah 1-3 meter di atas permukaan laut dan mempunyai kemiringan lahan melandai ke arah aliran sungai dengan kemiringan rata-rata 0,8-1,5 meter.

Geologi. Keadaan geologi atau struktur tanah di kota Pontianak termasuk ke dalam wilayah peneplant dan sedimen alluvial yang secara fisik merupakan jenis tanah liat. Jenis tanah ini berupa gambut bekas endapan lumpur sungai Kapuas. Keadaan ini sangat labil dan mempunyai daya dukung yang sangat rendah.

Hidrologi. Keadaan pasang surut Sungai Kapuas merupakan aspek hidrologis yang sangat berperan dan berpengaruh terhadap kota Pontianak. Ada dua faktor fisik utama yang berpengaruh terhadap aspek hidrologis ini, yaitu keadaan topografi yang rata-rata rendah di atas permukaan laut dan posisi geografis kota yang berada pada garis khatulistiwa. Besarnya pengaruh pasang dan curah hujan yang tinggi terutama terjadi pada daerah-daerah pinggiran sungai. Besarnya pengaruh pasang surut ini berkisar antara 1-2 meter.

Iklim. Berdasarkan hasil pengamatan Badan Meteorologi dan Geofisika Direktorat Jenderal Perhubungan Udara Supadio Pontianak, keadaan klimatologi kota Pontianak dan sekitarnya dapat dijelaskan sebagai berikut: banyaknya curah hujan rata-rata dalam setahun berkisar antara 200-350 milimeter per bulan; rata-rata tekanan udara berkisar 1,010-1,012 milibar per bulan; rata-rata penyinaran matahari berkisar antara 40-60 persen per bulan; rata-rata temperatur udara berkisar antara 24-27 derajat Celcius tiap bulan; kecepatan angin rata-rata berkisar antara 4-5 knots.